Previo al comienzo de la Liga BBVA, el futuro de Javier Aquino cambió y luego de temporada y media con el Villarreal, el club decidió cederlo al Rayo Vallecano, donde militará la próxima temporada.
El club de Vallecas dio a conocer mediante su cuenta de Twitter (@RVMOficial) que el mexicano y Jonathan Pereira estaban en la transacción y serían traspasados temporalmente al Rayo, equipo que quedó en la décimo segunda plaza la temporada pasada.
El exjugador del Cruz Azul llegó a suelo español en la vuelta de la temporada 2012-13 de la Liga Adelante, donde lograron el ascenso y jugaron una formidable campaña que los hizo terminar en la sexta plaza para meterse a puestos europeos.